A gyökérkezeléstől általában mindenki fél, noha a beavatkozás egy injekcióval fájdalommentessé tehető. Először ki kell fúrnunk a fogat, hogy hozzáférhessünk a gyökércsatornához. A gyökércsatornák száma és variábilitása foganként változó.
Azután gépi gyökércsatorna-tágítóval eltávolítjuk idegeket és az ereket a fogból.
Eközben egy másik speciális eszközzel, az úgynevezett „apex lokátorral” – ami egy miniatűr radarkészülék – követjük, hol is járunk a gyökércsatornában.
Ezután következik a gyökértömés, mely elkészítése közben egy fúróra emlékeztető kis eszközzel visszük be a csatornákba a tömőanyagot.
Legvégül pedig egy normál fogtöméssel fedjük a beavatkozás nyomait.
A gyökérkezelések nem mindig végezhetőek el egy ülésben, van hogy többször is kell kezelni a fogakat.